I den nya EMAS-förordningen (EMAS III) framgår i artikel 12 att eftersom en viss period behövs för att införa bestämmelser för en korrekt tillämpning av den nya EMAS-förordningen (EMAS III), bör medlemsstaterna ha 12 månader på sig efter det att att fördningen trätt i kraft att ändra de förfaranden som tillämpas av ackrediteringsorgan och behöriga organ, så att de överensstämmer med bestämmelserna i EMAS III. Under denna period bör ackrediteringsorganen och de behöriga organen få fortsätt att tillämpa de förfaranden som fastställs i den tidigare versionen av förordningen (EMAS II).
Denna övergångsperiod sak tillämpas i Sverige, vilket innebär att både EMAS II och EMAS III kan få tillämpas fram till den 11 januari 2011.